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重慶市巴南區(qū)中醫(yī)院地處重慶西南部歷史名邑巴縣，成立于1981年，國家二級(jí)甲等中醫(yī)醫(yī)院，愛嬰醫(yī)院，重慶市交通事故快速搶救定點(diǎn)醫(yī)院，城鄉(xiāng)居民合作醫(yī)療保險(xiǎn)、城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險(xiǎn)、工傷保險(xiǎn)、生育保險(xiǎn)、商業(yè)保險(xiǎn)定點(diǎn)醫(yī)院，干部保健定點(diǎn)醫(yī)院，重慶市中醫(yī)藥行業(yè)協(xié)會(huì)巴南辦事處牽頭單位，巴南區(qū)中醫(yī)藥聯(lián)盟理事長單位，巴南區(qū)中醫(yī)藥學(xué)會(huì)理事長單位，重醫(yī)中醫(yī)藥學(xué)院、重慶理工大學(xué)、重慶醫(yī)藥高等?？茖W(xué)校、重慶市護(hù)士學(xué)校、重慶市南丁衛(wèi)生職業(yè)學(xué)校等教學(xué)實(shí)習(xí)醫(yī)院，重慶青年職業(yè)技術(shù)學(xué)院教學(xué)醫(yī)院，重慶理工大學(xué)研究生（MPA）聯(lián)合培養(yǎng)基地，巴南區(qū)中醫(yī)藥適宜技術(shù)培訓(xùn)基地，巴南區(qū)中醫(yī)醫(yī)療、教學(xué)、科研基地，重慶市衛(wèi)生單位，重慶市五星級(jí)“美麗醫(yī)院”。
醫(yī)院占地面積30畝，建筑面積5.2萬平方米。現(xiàn)有職工772人，專業(yè)技術(shù)人員705人，中高級(jí)職稱415人，博士、碩士73人。重慶市名中醫(yī)2人（溫木生、柯祖祥），重慶市首屆基層名中醫(yī)1人（劉莉），巴南區(qū)名中醫(yī)3人（周定偉、胡清偉、牟琴），全國基層名老中醫(yī)藥傳承專家1人，重慶市區(qū)縣醫(yī)療衛(wèi)生學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人1人，重慶市區(qū)縣醫(yī)學(xué)頭雁人才1人，巴南區(qū)“菁英計(jì)劃”人才2人，巴南區(qū)學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人及后備人選2人，全國中醫(yī)藥傳承人才2人，全國中醫(yī)護(hù)理骨干1人。
醫(yī)院開設(shè)內(nèi)科、外科、骨傷科（骨傷一科脊柱、骨傷二科關(guān)節(jié)與運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)）、婦產(chǎn)科、兒科、針灸（推拿）科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科、老年病科、肛腸科、皮膚科、眼科、耳鼻咽喉科、感染性疾病科（發(fā)熱門診、腸道門診）、急診醫(yī)學(xué)科、重癥醫(yī)學(xué)科、麻醉科、口腔科、治未病科、營養(yǎng)科、門診部（國醫(yī)館、國醫(yī)大師傳承工作室、筋傷門診）、基層指導(dǎo)科。其中內(nèi)科設(shè)肺病科·呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科、脾胃病科、腫瘤科、心病科、腎病科（含血液透析中心）、腦病科、內(nèi)分泌科、風(fēng)濕病科；外科設(shè)普外科、神經(jīng)外科、泌尿外科等臨床學(xué)科。開設(shè)藥學(xué)部（含臨床藥學(xué)室）、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)科、放射科、超聲醫(yī)學(xué)科、功能檢查科（心功能室、肺功能室、腦功能室）、手術(shù)室、病理科、輸血科、內(nèi)鏡中心、導(dǎo)管室、消毒供應(yīng)中心等醫(yī)技科室。設(shè)住院病區(qū)16個(gè)，開放床位699張。
現(xiàn)有國家級(jí)中醫(yī)特色專科2個(gè)（針灸科、骨傷科），市級(jí)中醫(yī)特色?？?個(gè)（皮膚科、腦病科），市級(jí)中醫(yī)重點(diǎn)專科5個(gè)（針灸科、兒科、皮膚科、肛腸科、骨傷科），區(qū)級(jí)重點(diǎn)?？?個(gè)（康復(fù)科），重慶市中醫(yī)藥重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（針灸學(xué)）。名中醫(yī)工作室9個(gè)（國醫(yī)大師段亞亭傳承工作室、國醫(yī)大師廖品正傳承工作站、全國名中醫(yī)王輝武傳承工作室、全國基層名老中醫(yī)藥專家溫木生名中醫(yī)傳承工作室、中國中醫(yī)科學(xué)院名醫(yī)陳楓傳承工作室、重慶市名中醫(yī)文仲渝傳承工作室、重慶醫(yī)科大學(xué)教授蒲曉東工作室、重慶市名中醫(yī)柯祖祥工作室、四川省骨科醫(yī)院鄭氏中醫(yī)骨科流派傳承工作室）。區(qū)級(jí)質(zhì)量控制中心3個(gè)（針灸理療、中藥藥事管理、中醫(yī)護(hù)理質(zhì)量控制中心）。市級(jí)中醫(yī)優(yōu)勢專科建設(shè)單位3個(gè)（中醫(yī)風(fēng)濕病科、中醫(yī)肛腸科、中醫(yī)皮膚科）。建有卒中、胸痛、創(chuàng)傷三大急救中心，建成四川省中西醫(yī)結(jié)合近視防治中心分中心，重慶腫瘤醫(yī)院中醫(yī)腫瘤規(guī)范化診療基地，河南省洛陽正骨醫(yī)院（河南省骨科醫(yī)院）骨傷?？?、重慶市肛腸?？?、重慶市內(nèi)分泌糖尿病專科、中國西部創(chuàng)傷專科、西南風(fēng)濕免疫病?？?、重醫(yī)附二院創(chuàng)面修復(fù)專科、成都中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院（四川省中醫(yī)院）針灸學(xué)專科聯(lián)盟建設(shè)單位。
醫(yī)院配備1.5T磁共振、64排螺旋CT、DSA血管介入手術(shù)系統(tǒng)、光學(xué)相干斷層掃描儀、四維彩色超聲診斷系統(tǒng)、電子胃腸鏡、電子動(dòng)態(tài)頻閃喉鏡系統(tǒng)、全自動(dòng)生化分析儀、全自動(dòng)（電）化學(xué)發(fā)光分析儀、口腔頜面錐形束計(jì)算機(jī)體層攝影設(shè)備、眼前節(jié)測量評(píng)估系統(tǒng)等檢查設(shè)備。配備Q開關(guān)Nd：YAG激光治療機(jī)、強(qiáng)脈沖光治療儀、體外沖擊波治療儀、低頻脈沖治療儀、四肢聯(lián)動(dòng)康復(fù)訓(xùn)練儀、懸吊康復(fù)訓(xùn)練器、光脈沖瞼板腺功能障礙（MGD)治療儀等中醫(yī)診療設(shè)備。配備超乳玻切一體機(jī)、鈥激光、關(guān)節(jié)鏡、椎間孔鏡、超高清腹腔鏡系統(tǒng)等微創(chuàng)設(shè)備。
2025年，基本建成中醫(yī)藥特色優(yōu)勢突出、中醫(yī)藥文化氛圍濃厚、與巴南區(qū)社會(huì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展相適應(yīng)的高質(zhì)量三級(jí)中醫(yī)醫(yī)院。