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首都兒科研究所是新中國第一家兒科醫(yī)學(xué)研究所，前身是中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院兒科研究所，成立于1958年。1983年歸屬北京市衛(wèi)生局，正式更名為首都兒科研究所，1986年附屬兒童醫(yī)院正式成立。附屬兒童醫(yī)院為三級(jí)甲等醫(yī)院，屬于公立非營利性醫(yī)療機(jī)構(gòu)，是集兒科基礎(chǔ)研究、臨床、高等教育、預(yù)防保健為一體的兒科醫(yī)學(xué)機(jī)構(gòu)。是北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院聯(lián)合申報(bào)兒科學(xué)博士、碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)；國務(wù)院學(xué)位辦批準(zhǔn)的臨床醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)；北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部博士、碩士培養(yǎng)點(diǎn)。

全所院現(xiàn)有職工1900余人?，F(xiàn)有博士、碩士研究生導(dǎo)師66名，擁有高級(jí)職稱專家259名。已培養(yǎng)博士、碩士研究生400余人。

研究所設(shè)有11個(gè)基礎(chǔ)研究室、1個(gè)兒童健康大數(shù)據(jù)中心和1個(gè)實(shí)驗(yàn)中心，兒童發(fā)育營養(yǎng)組學(xué)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、兒童病毒病原學(xué)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。擁有北京市兒童成人慢性病防治中心以及世界衛(wèi)生組織兒童衛(wèi)生合作中心、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院兒童發(fā)育及疾病研究中心、中國兒童衛(wèi)生保健疾病防治指導(dǎo)中心、國家CDC婦兒中心合作科技創(chuàng)新合作中心等4個(gè)科研合作中心。在六十余年的發(fā)展中，確立了以“兒童保健研究”“兒科疾病應(yīng)用基礎(chǔ)研究”“兒科感染性疾病的病原學(xué)研究”3個(gè)重點(diǎn)研究方向和有著明確科技創(chuàng)新特色的學(xué)科群。建立科技創(chuàng)新研究平臺(tái)，整合優(yōu)勢科研資源，在基礎(chǔ)研究、應(yīng)用基礎(chǔ)研究、臨床研究、技術(shù)創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化等方面形成完整的發(fā)展體系。承擔(dān)著國家、國際組織和國際間的多邊合作以及科技部、國家衛(wèi)健委、北京市衛(wèi)健委、市科委等一系列關(guān)系到兒童保健、兒科常見病和罕見病等重大研究項(xiàng)目，課題具有前瞻性、科學(xué)性和指導(dǎo)性。一批優(yōu)秀研究項(xiàng)目先后獲獎(jiǎng)，獲得國家級(jí)獎(jiǎng)項(xiàng)7個(gè)，省部級(jí)各類科技進(jìn)步獎(jiǎng)105項(xiàng)。

附屬兒童醫(yī)院編制床位400張。設(shè)有26個(gè)臨床科室，6個(gè)醫(yī)技科室。2019年門診量227萬余人次，出院病人3.7萬余人次，住院手術(shù)病人1.2萬余人次。國家/北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地。醫(yī)院技術(shù)實(shí)力領(lǐng)先。擁有呼吸內(nèi)科、重癥醫(yī)學(xué)科2個(gè)國家臨床重點(diǎn)專科，國家衛(wèi)計(jì)委衛(wèi)生行業(yè)專項(xiàng)課題先天重大畸形治療技術(shù)科技攻關(guān)牽頭單位、中國出生缺陷救助“示范基地”、全科聯(lián)盟聯(lián)合診療中心成員單位、中國兒童糖尿病管理中心、中華醫(yī)學(xué)會(huì)新生兒學(xué)組委員單位5個(gè)國家級(jí)平臺(tái)，愛嬰醫(yī)院、北京市/朝陽區(qū)危重新生兒轉(zhuǎn)會(huì)診指定醫(yī)院、兒科學(xué)科協(xié)同發(fā)展中心（東區(qū)）牽頭單位、呼吸道疾病診斷治療中心、北京市級(jí)危重新生兒救治中心、北京市新生兒學(xué)組組長單位6個(gè)北京市級(jí)平臺(tái)。